Am 15. November 1949 hat die Bremische Bürgerschaft den Rechnungshof durch das Rechnungshofgesetz errichtet. Er nahm am 1. April 1950 seine Arbeit auf.
Die Aufgabe der überörtlichen Rechnungsprüfung der Stadtgemeinde Bremerhaven wurde am 28. Dezember 1966 auf den Präsidenten des Rechnungshofs übertragen.
Mit der Verabschiedung der Landeshaushaltsordnung im Jahr 1971 wurden die Aufgaben des Rechnungshofs genauer beschrieben und seine Befugnisse erweitert.
1998 wurde durch die Einfügung des Artikels 133 a in die Landesverfassung ausdrücklich der unabhängige Rechnungshof verankert. Dadurch hat der Rechnungshof der Freien Hansestadt Bremen als letzter der Landesrechnungshöfe eine landesverfassungsrechtliche Institutionsgarantie erhalten.